Im Oktober 1961 wurde der Grundstein für ein neues Gemeindezentrum in der Heidesiedlung gelegt.
Bereits im Januar 1962 fand das Richtfest statt und im Oktober konnte der Gottesdienstraum durch Landessuperintendent Klügel eingeweiht werden.
Die Geschichte der Nikodemus-Gemeinde nahm damit zwar ihren offiziellen Anfang - aber wie so oft gibt es dazu auch noch eine Vorgeschichte, und die ist eng mit der Stadtteilgeschichte der Heidesiedlung verbunden. Bereits Ende der 50-er Jahre wurde hier kräftig gebaut, junge meist kinderreiche Familien zogen in den Stadtteil, der kirchengemeindlich zur Petri-Kirche gehörte.
Schon 1955 wurde dort eine 3. Pfarrstelle errichtet und auf diese Pastor Klaus Eberhard Sander berufen, dessen Hauptaufgabe nun in der seelsorgerlichen Betreuung der Heidesiedlung lag. Unterstützt wurde er damals durch einen jungen Vikar Horst Hirschler.
Spontanität und Improvisieren waren in dieser Zeit besonders gefragt - in der Heidesiedlung gab es ja noch keine Räumlichkeiten, wo man hätte zusammenkommen können. Konfirmandenunterricht wurde in einer kleinen Pfarrwohnung oder sogar bei Konfirmandeneltern abgehalten, Jugendkreise fanden in einer leer stehenden Garage statt, es gab Haus- und Gesprächskreise. Insgesamt entwickelte sich unter diesen Umständen ein sehr intensives Zusammengehörigkeitsgefühl in dieser jungen Stadtteilgemeinde, welches den Boden für eine Verselbständigung bereitete.
Bei anhaltendem Bau-Boom war dies letztlich auch keine Frage, zählte doch die Petri-Gemeinde in diesen Jahren etwa 23.000 Gemeindeglieder bei nur drei Pfarrstellen.
Unsere Wurzeln reichen noch darüber hinaus: unsere Urahne ist die Aegidienkirche - erbaut 1347 - bzw. ihre Vorläuferin aus dem Jahre 1241. Mit der Ausbreitung des Stadtgebietes in östlicher Richtung entstand 1747 die Gartenkirche an der Marienstraße, die 1886 durch die jetzt bestehende Kirche ersetzt worden ist. In der Folgezeit wurde 1873 eine Kapelle in Kleefeld errichtet und 1883 die Petri-Gemeinde gegründet. Für sie wurde 1902 die Petrikirche gebaut.
Unsere Nikodemus-Gemeinde wurde 1962 aus der Petri-Gemeinde ausgegliedert. Mit dem Bau des Gemeindezentrums auf Grundbesitz der Aegidienkirche, die dieses Land unserer Gemeinde schenkte, hat sich der Kreis . Bis 1958 war Pastor Sander bei uns tätig, wurde dann von Pastor Claus Nutzhorn abgelöst, der das Amt 1962 an Pastor Dr. Martin Storch weitergab. Dieser prägte bis zu seinem Ruhestand 1974 das Gemeindeleben; Nachfolger wurde Pastor Hans Joachim Quantz, der im Herbst 2000 in den Ruhestand ging. 1973 - 1997 ergänzte Pastor Eberhard Chappuzeau das Team im Pfarramt, er war mit einer halben Stelle in der Gemeinde eingebunden und zur anderen Hälfte als Schulpastor in der IGS Roderbruch tätig. Seit 1964 ist die Diakonin Christa Poppe in der Gemeinde, ihr Schwerpunkt lag besonders in der Kinder- und Jugendarbeit. Im Frühjahr 2001 wurde sie nach 37 Jahren in den Ruhestand verabschiedet. Seitdem steht sie der Gemeinde ehrenamtlich zur Verfügung.
1997 wurde die zweite Pfarrstelle der Nikodemus-Gemeinde aufgehoben. In Kooperation mit der Petri-Gemeinde ist Pastor Christoph Kampermann in beiden Gemeinden tätig, und zwar 1/3 für Nikodemus und 2/3 für die Petrikirche. Außerdem gehört zur Gemeinde noch der 1969 erbaute Kindergarten. Durch die Umgestaltung der Außenanlage (1998) wurde er wachsenden Bedürfnissen angepasst . Mit dem Bau des zweiten Pfarrhauses 1979 zeichnete sich immer deutlicher ab, dass der "Gemeindesaal", der zum Gottesdienstraum geworden war, zu klein wurde. Auf den ursprünglichen Plan, eine "richtige" Kirche auf die große Rasenfläche vor dem Gemeindehaus zu bauen, wurde nach langer Überlegung im Kirchenvorstand verzichtet. Statt dessen wurde zur Verbesserung der räumlichen Verhältnisse der Gemeindesaal vergrößert und dabei über dem Konfirmandenraum noch ein weiterer Gruppenraum gewonnen. Während der Bauphase fanden die Gottesdienste in einem großen Zelt auf dem Rasen vor dem Gemeindehaus statt.
Am 1. Advent 1988 wurde der erweiterte sowie optisch und akustisch sehr verbesserte Gottesdienstraum von Landesbischof Horst Hirschler eingeweiht.
Am 1.10.2011 fusioniert mit der Petrigemeinde zur:
>> Evangelisch-lutherische Petri-und- Nikodemus- Kirchengemeinde in Hannover <<.